Carbonato di calcio (CaCO3) sotto forma di aragonite (84 – 92%), materia organica (4 – 13%) ed H2O (3 – 4%).
La composizione chimica di una perla risulta essere la stessa, in senso qualitativo, di quella della madreperla:

• Perla

1. Carbonato di calcio : 91.72%
2. Materia organica : 5.94%
3. Acqua : 2.23%
4. Perdite : 0.11%

• Madreperla

1. Carbonato di calcio : 66.00%
2. Materia organica : 2.50%
3. Acqua : 31.00%
4. Perdite : 0.50%

Inoltre, secondo le ricerche condotte da R. Dubois, risulta particolarmente evidente come in alcuni tipi di molluschi si hanno rilevanti differenze di proporzioni quantitative nella composizione chimica delle relative perle:

Nelle perle di pinna si nota una quantità di acqua superiore rispetto alle meleagrine. Questo rende le perle di pinna leggermente trasparenti e con una densità decisamente inferiore a quella delle altre perle.

Secondo J. Ch. Essner, la composizione chimica della madreperla dipenderebbe dalla posizione della perla all’interno della valva.

In conclusione possiamo dire che le perle sono composte dalle medesime sostanze di cui è composta la madreperla e che a livello chimico la perla è effettivamente madreperla.

La materia organica della perla, e di conseguenza della madreperla, è la conchiolina (una sostanza molto robusta e ricca di azoto). Questa funge da scheletro per il carbonato di calcio costituendo una struttura simile a quella di un alveare.